2) невозможность диагностики микроделеционных и микродупликационных синдромов (+)
3) невозможность диагностики робертсоновских транслокаций
4) существенная зависимость качества гибридизации от степени конденсации хромосомного материала на препарате
Метод mBAND (multicolor banding) представляет собой вариант многоцветной FISH, при котором вдоль выбранной хромосомы гибридизуется набор частично перекрывающихся регион-специфических зондов с различными комбинациями флуорохромов. В результате формируется воспроизводимый цветовой штрих-код , позволяющий уточнять локализацию точек разрыва и выявлять сложные внутрихромосомные перестройки, в том числе инверсии и крупные делеции или дупликации. Именно высокая информативность при анализе внутрихромосомных реаранжировок является одним из основных преимуществ mBAND.
Принципиальное ограничение метода связано с тем, что зонды mBAND соответствуют относительно протяжённым участкам хромосомы и оценивают изменение последовательности цветовых сегментов, а не небольшие изменения числа копий отдельных геномных локусов. Поэтому субмикроскопические делеции и дупликации, лежащие в основе микроделеционных и микродупликационных синдромов, могут не изменять цветовой профиль в масштабе, достаточном для их распознавания. Для обнаружения таких CNV (copy number variants, вариаций числа копий) предпочтительны хромосомный микроматричный анализ, таргетная FISH или другие молекулярно-генетические методы.
| Метод | Основной диагностический объект | Наиболее характерные возможности | Ограничения |
|---|---|---|---|
| Стандартное кариотипирование | Все метафазные хромосомы | Анеуплоидии, крупные делеции, дупликации и транслокации | Недостаточная чувствительность к субмикроскопическим CNV |
| mBAND | Отдельная выбранная хромосома | Инверсии, вставки, сложные внутрихромосомные перестройки, уточнение точек разрыва | Не предназначен для надёжного выявления малых микроделеций и микродупликаций |
| mFISH / SKY | Все хромосомы одновременно | Идентификация происхождения хромосомного материала, сложных межхромосомных транслокаций | Ограниченная информативность для небольших внутрихромосомных изменений |
| Локус-специфическая FISH | Заранее выбранный участок ДНК | Подтверждение конкретной делеции, дупликации или транслокации | Необходим заранее известный диагностический локус |
| Хромосомный микроматричный анализ | Геном в целом | Выявление субмикроскопических делеций и дупликаций, оценка CNV | Обычно не выявляет сбалансированные перестройки без изменения числа копий |
| MLPA | Набор определённых генов или локусов | Таргетное выявление экзонных и локусных делеций/дупликаций | Исследуются только участки, представленные в используемой панели |
Перицентрические инверсии не относятся к принципиально недоступным для mBAND изменениям: нарушение нормальной последовательности цветовых полос как раз позволяет визуализировать внутрихромосомную перестройку. Робертсоновские транслокации также не являются специфически невидимыми для цитогенетического анализа и обычно хорошо распознаются прежде всего при стандартном кариотипировании. Выбор метода определяется размером и типом предполагаемой перестройки: при подозрении на микроделеционный или микродупликационный синдром требуется метод с существенно более высокой чувствительностью к изменениям числа копий ДНК. Таким образом, mBAND оптимален для структурного картирования хромосом, но не заменяет технологии молекулярного кариотипирования при поиске субмикроскопических CNV.