2) интерфазного FISH-анализа с центромеро-специфичным ДНК-зондом
3) метода FISH c теломерными ДНК-зондами
4) кариотипирования прометафазных хромосом
Микроматричная сравнительная геномная гибридизация (array-CGH) позволяет доказать наличие в сверхчисленной маркерной хромосоме эухроматинового материала за счет выявления дополнительной дозы уникальных последовательностей ДНК. ДНК пациента и контрольного образца гибридизуются на микроматрице, после чего оценивается соотношение флуоресцентных сигналов. Если маркер содержит участок функционально активного, ген-содержащего эухроматина, исследование обнаруживает соответствующее увеличение числа копий — частичную трисомию определенного хромосомного региона.
Сверхчисленные маркерные хромосомы часто имеют малый размер и неопределимую при стандартном кариотипировании структуру; они могут состоять только из центромерного гетерохроматина либо включать клинически значимый эухроматиновый сегмент. Центромеро-специфичный FISH-зонд устанавливает происхождение центромеры, но не доказывает присутствие ген-содержащего материала. Теломерные зонды выявляют лишь конкретные субтеломерные последовательности, а прометафазное кариотипирование повышает цитогенетическое разрешение, однако обычно не позволяет надежно определить молекулярный состав очень малой маркерной хромосомы.
| Метод | Основная диагностическая возможность | Значение при исследовании маркерной хромосомы |
|---|---|---|
| Микроматричная сравнительная геномная гибридизация | Выявление геномных дисбалансов и определение координат участков с увеличенным числом копий | Доказывает наличие и устанавливает объем эухроматинового материала, если он представлен в диагностически значимой доле клеток |
| SNP-микроматрица | Определение вариаций числа копий, аллельного состава и участков потери гетерозиготности | Дополнительно уточняет происхождение дисбаланса и может выявлять унипарентальную дисомию |
| FISH с центромеро-специфичным зондом | Идентификация центромеры определенной хромосомы | Устанавливает хромосомное происхождение маркера, но не характеризует протяженность эухроматина |
| FISH с локус-специфичными зондами | Подтверждение наличия конкретного гена или хромосомного участка | Используется для верификации результатов микроматричного анализа и оценки мозаицизма |
| FISH с теломерными зондами | Выявление определенных субтеломерных последовательностей | Информативен только при предполагаемом включении соответствующего теломерного участка |
| Прометафазное кариотипирование | Оценка числа и крупной структуры хромосом с повышенным уровнем разрешения | Подтверждает наличие маркера и мозаицизм, но часто не определяет его точный геномный состав |
| Секвенирование границ перестройки | Точное определение нуклеотидных точек разрыва | Применяется для углубленной характеристики сложных маркеров после выявления дисбаланса |
Клиническая значимость сверхчисленной маркерной хромосомы зависит от размера и генетического содержания эухроматинового сегмента, уровня мозаицизма и тканевого распределения аномального клона. Array-CGH не выявляет полностью гетерохроматиновые маркеры без изменения дозы уникальной ДНК и может иметь ограниченную чувствительность при низком уровне мозаицизма. Поэтому оптимальная диагностика сочетает кариотипирование, микроматричный анализ и подтверждающий FISH с локус-специфичными зондами. Интерпретация результата должна учитывать фенотип пациента и данные обследования родителей.