2) совокупностью геномов всех людей на планете Земля
3) геномом Крейга Вентера
4) геномом Фредерика Сэнгера
Референсный геном человека — это стандартизированная и аннотированная сборка последовательностей ДНК, используемая как координатная основа для описания генов, вариантов нуклеотидной последовательности и результатов генетических исследований. Он представляет собой репрезентативную модель генома Homo sapiens, а не полную последовательность одного конкретного человека и не перечень всех существующих человеческих геномов. В современных сборках, таких как GRCh38 и T2T-CHM13, последовательно уточняются ранее отсутствовавшие или недостаточно представленные участки.
Референсная сборка формируется на основе данных секвенирования, полученных от одного или нескольких доноров, с последующей компьютерной сборкой, проверкой качества и цитогенетической привязкой последовательностей к хромосомам. Обычно она представляет одну гаплоидную последовательность для каждой хромосомы и служит эталоном для выравнивания прочтений при диагностическом секвенировании, поиска однонуклеотидных вариантов, небольших инделов и структурных перестроек. Поэтому правильным является определение референсного генома как репрезентативного примера генома вида.
Геном Крейга Вентера относится к индивидуальной последовательности конкретного человека, полученной в рамках проекта Celera Genomics, и не является универсальным эталоном для всего вида. Совокупность геномов людей различных популяций рассматривается в рамках концепции человеческого пангенома, предназначенного для более полного отражения генетического разнообразия. Фредерик Сэнгер был ученым, внесшим значительный вклад в развитие методов секвенирования и молекулярной биологии, но выражение геном Фредерика Сэнгера не обозначает референсную геномную сборку человека.
| Объект | Содержание | Основное назначение или отличие |
|---|---|---|
| Референсный геном человека | Кураторская сборка последовательностей, репрезентативная для вида | Координатная основа для анализа генов, вариантов и результатов секвенирования |
| Гаплоидное представление | Одна последовательность каждой хромосомы | Упрощает единое позиционирование вариантов; не отражает все аллели конкретного человека |
| GRCh38 | Широко используемая версия сборки Genome Reference Consortium | Применяется в клинической геномике, базах вариантов и биоинформатических пайплайнах |
| T2T-CHM13 | Сборка, существенно дополнившая ранее пропущенные участки, включая теломерные и центромерные регионы | Повышает полноту представления генома, но не отменяет необходимость сопоставления с принятой сборкой в клинических базах |
| Индивидуальный геном | Последовательность ДНК одного человека с его уникальным набором вариантов | Не может полностью заменить видовой референс, поскольку содержит индивидуальные и популяционные особенности |
| Пангеном человека | Набор геномных последовательностей и вариабельных участков представителей разных популяций | Отражает генетическое разнообразие вида лучше, чем одна линейная референсная сборка |
| Секвенирование и выравнивание | Прочтения пациента сопоставляются с координатами референсной сборки | Позволяет выявлять SNV, инделы, копийные изменения и структурные варианты |
Референсный геном не следует воспринимать как нормальный или единственно правильный геном человека. Наличие отличий от референса само по себе не означает патологию: клиническая значимость варианта определяется его частотой, функциональными данными, фенотипом и критериями классификации, например ACMG/AMP. При интерпретации результатов необходимо указывать конкретную версию сборки, поскольку координаты вариантов могут различаться между GRCh37, GRCh38 и более новыми ресурсами. Использование пангеномных и популяционных баз данных постепенно уменьшает систематические ограничения, связанные с недостаточной представленностью отдельных этнических групп.