2) хромосомных транслокаций (+)
3) перицентрических инверсий
4) хромосомных микродупликаций
Спектральное кариотипирование (SKY, spectral karyotyping) представляет собой разновидность многоцветной FISH-методики, при которой каждая хромосома окрашивается уникальным спектральным сочетанием флуорофоров. Благодаря этому участки, переместившиеся на другую хромосому, сохраняют цвет хромосомы происхождения и визуализируются как фрагменты с различной окраской. Поэтому метод особенно эффективен для выявления транслокаций, включая сложные и ранее не распознанные при стандартном цитогенетическом исследовании.
SKY позволяет диагностировать как сбалансированные транслокации без потери или приобретения генетического материала, так и несбалансированные варианты с избытком или недостатком хромосомных сегментов. Метод также помогает установить происхождение маркерной хромосомы и определить состав сложных перестроек при опухолевых и врождённых хромосомных заболеваниях. Его разрешающая способность ограничена размером исследуемых фрагментов, поэтому микроделеции и микродупликации обычно требуют хромосомного микроматричного анализа, MLPA, таргетной FISH или методов секвенирования.
Перицентрические инверсии затрагивают один и тот же хромосомный материал и включают центромеру; при SKY вся перестроенная хромосома, как правило, сохраняет единый спектральный профиль. Поэтому для их диагностики информативнее стандартное кариотипирование с GTG-дифференциальной окраской, а при малом размере инверсии — FISH с локус-специфичными зондами или молекулярно-генетические методы.
| Тип хромосомного изменения | Возможности SKY | Предпочтительный метод подтверждения или выявления |
|---|---|---|
| Сбалансированная транслокация | Хорошо выявляется по появлению на хромосоме участков с цветом другой хромосомы; копийный дисбаланс может отсутствовать | SKY или M-FISH; уточнение точек разрыва — FISH, хромосомный микроматричный анализ, секвенирование |
| Несбалансированная транслокация | Определяет происхождение добавочного или утраченного хромосомного материала и помогает классифицировать перестройку | SKY в сочетании с микроматричным анализом для оценки дисбаланса генома |
| Сложная многократная транслокация | Особенно информативно: позволяет различить фрагменты нескольких хромосом в одной перестройке | SKY/M-FISH; при необходимости — FISH и секвенирование структурных вариантов |
| Хромосомная микроделеция | Обычно не выявляется из-за недостаточной разрешающей способности и малого размера отсутствующего участка | Хромосомный микроматричный анализ, MLPA, таргетная FISH или секвенирование |
| Хромосомная микродупликация | Как правило, не определяется, если дуплицированный сегмент ниже цитогенетического разрешения | Хромосомный микроматричный анализ, MLPA или секвенирование |
| Перицентрическая инверсия | Обычно не распознаётся надёжно, поскольку перестройка происходит внутри одной хромосомы и её общий спектральный цвет сохраняется | GTG-кариотипирование, FISH с локус-специфичными зондами или секвенирование |
Таким образом, диагностическая ценность SKY определяется не обнаружением любого изменения числа копий, а идентификацией хромосомного происхождения переставленных сегментов. Наиболее характерное показание — подозрение на транслокацию при атипичной морфологии хромосом, наличии маркерной хромосомы или сложной перестройки. Отрицательный результат SKY не исключает микроделецию, микродупликацию или небольшую инверсию. Интерпретация должна выполняться с учётом обычного кариотипирования и, при необходимости, методов анализа субмикроскопических вариантов числа копий.