2) c.reg7A>C
3) c.7A>C
4) c.-7A>C (+)
В номенклатуре HGVS префикс c. используют для описания варианта относительно кодирующей ДНК-последовательности транскрипта. Нуклеотид c.1 соответствует первой позиции кодирующей последовательности, входящей в стартовый кодон ATG; расположенные перед ним нуклеотиды обозначают отрицательными координатами. Поэтому позиция c.-7 находится в 5′-нетранслируемой области, на семь нуклеотидов выше точки начала трансляции.
Запись c.-7A>C означает замену аденина на цитозин в этой позиции. В HGVS не используют отдельный текстовый маркер reg для обозначения регуляторной функции участка: его функциональная характеристика описывается отдельно, а координата указывается относительно выбранной референсной последовательности. Наличие отрицательного номера принципиально отличает 5′-нетранслируемую область от кодирующей части; нулевая позиция между c.-1 и c.1 не применяется.
| Обозначение | Область или принцип | Интерпретация |
|---|---|---|
| c.-7A>C | 5′-нетранслируемая область перед стартом трансляции | Корректная запись замены при координатной привязке к кодирующей последовательности |
| c.7A>C | Кодирующая последовательность после стартового кодона | Описывает другую позицию и не соответствует нуклеотиду, расположенному перед началом трансляции |
| c.1A>C | Первая позиция кодирующей последовательности | Замена в первом нуклеотиде стартового кодона; не является обозначением участка выше ATG |
| c.reg-7A>C | Попытка добавить функциональную характеристику к координате | Не соответствует стандартному синтаксису HGVS для ДНК-вариантов |
| g.123456A>C | Геномная референсная последовательность | Предпочтительна, если вариант расположен вне транскрипта и его координата задаётся по геномной сборке |
| n.-7A>C | Некодирующая транскриптная последовательность | Применяется при описании варианта относительно референсной последовательности некодирующей РНК, а не кодирующего транскрипта |
| r.-7A>C | Последовательность РНК | Используется для описания варианта на уровне зрелой РНК, а не исходной ДНК |
Регуляторный эффект варианта в 5′-нетранслируемой области может быть связан с изменением связывания факторов транскрипции, стабильности мРНК или эффективности инициации трансляции. Однако сама запись HGVS описывает только положение и тип замены и не устанавливает её патогенность. Если участок находится за пределами аннотированного транскрипта, корректнее использовать геномную запись g. с указанием референсной сборки. Для клинической интерпретации дополнительно учитывают частоту аллеля, функциональные исследования, данные о регуляторных элементах и соответствие фенотипу.