2) HLA-генотипа (+)
3) структуры молекул HLA
4) некодирующих генов HLA
HLA-типирование методом секвенирования используют для определения HLA-генотипа — совокупности конкретных аллелей HLA в исследуемых локусах, унаследованных от обоих родителей. Метод устанавливает последовательность нуклеотидов в наиболее полиморфных участках генов HLA, прежде всего в экзонах, кодирующих пептидсвязывающую область молекулы. Полученная последовательность сопоставляется с международной базой аллелей HLA, что позволяет определить их с высокой, вплоть до аллельной, разрешающей способностью.
Генотипирование имеет принципиальное значение при подборе донора и реципиента для трансплантации гемопоэтических стволовых клеток и органов, а также при исследовании ассоциаций HLA с заболеваниями и лекарственной гиперчувствительностью. В отличие от серологических методов, секвенирование выявляет точечные замены и другие варианты нуклеотидной последовательности, включая различия между близкими аллелями. HLA-гаплотип представляет собой сочетание аллелей нескольких локусов, расположенных на одной хромосоме; его надежное определение требует установления фазирования, то есть принадлежности вариантов одному родительскому хромосомному набору.
| Объект или метод | Что определяется | Основной диагностический результат | Ограничения |
|---|---|---|---|
| Секвенирование HLA-генов | Нуклеотидная последовательность и варианты аллелей в исследуемых локусах | Аллельный HLA-генотип с высокой разрешающей способностью | Результат зависит от полноты покрытия, качества ДНК и алгоритма интерпретации |
| Серологическое HLA-типирование | Экспрессия антигенов HLA на клеточной поверхности по реакции с антителами | Антигенный тип, обычно с более низкой детализацией | Не всегда различает близкие аллели и редкие варианты |
| ПЦР с аллель- или групоспецифичными праймерами | Наличие заранее выбранного варианта последовательности | Подтверждение конкретного аллеля или группы аллелей | Метод ограничен спектром известных и целевых вариантов |
| HLA-гаплотипирование | Сочетание аллелей нескольких локусов на одной хромосоме | Фазированный набор наследуемых HLA-аллелей | Требует фазирования, длинных прочтений, родительских образцов или специальной биоинформатики |
| Исследование структуры молекулы HLA | Пространственная организация белка и его комплексов с пептидом | Трехмерная молекулярная модель | Обычно применяется рентгеноструктурный анализ, криоэлектронная микроскопия или моделирование, а не стандартное типирование |
| Анализ некодирующих областей | Варианты интронов, промоторов и других регуляторных последовательностей при включении их в панель | Дополнительные генетические маркеры или сведения о регуляции экспрессии | Не являются основным результатом клинического HLA-типирования |
Таким образом, ключевым продуктом секвенирования HLA является идентификация аллельного состава исследуемых локусов, то есть генотипа. Для корректной интерпретации учитывают полиморфизм, возможные соматические или технические артефакты и соответствие номенклатуре IPD-IMGT/HLA. При трансплантационном обследовании результаты сопоставляют между донором и реципиентом по значимым локусам и уровню разрешения. Определение гаплотипа или пространственной структуры белка может быть дополнительной задачей, но не является непосредственным и обязательным результатом стандартного HLA-секвенирования.