2) пробанда (+)
3) отца и матери пробанда
4) пробанда, отца и матери
Правильный ответ — биологический материал только от пробанда. Прямая подтверждающая ДНК-диагностика направлена на непосредственное выявление патогенного варианта в гене или участке генома пациента: точечной замены, небольшой вставки или делеции, крупной делеции/дупликации, экспансии повторов и других молекулярных нарушений. Для этого достаточно выделить ДНК из крови, буккального эпителия или другого валидированного образца пробанда и исследовать её методом, соответствующим предполагаемому типу мутации: ПЦР, секвенированием по Сэнгеру, секвенированием нового поколения, MLPA и др.
Исследование родственников не является обязательным условием именно прямой диагностики. Материал отца и матери может потребоваться дополнительно для уточнения происхождения варианта, подтверждения его возникновения de novo, установления фазы мутаций при аутосомно-рецессивном заболевании или оценки сегрегации варианта с заболеванием. Однако эти исследования повышают доказательность интерпретации и помогают оценить риск для семьи, но не заменяют обнаружение причинного варианта у пробанда.
Принципиально отличается непрямая, или косвенная, ДНК-диагностика. Она основана не на обнаружении самой мутации, а на анализе сцепленных с геном заболевания полиморфных маркеров и требует информативного семейного материала, нередко от родственников нескольких поколений. Такой подход применяется, когда патогенный вариант не установлен или технически недоступен для прямого выявления. Поэтому при формулировке о прямой подтверждающей диагностике минимально необходимым источником материала является пробанд.
| Подход | Что выявляется | Необходимый материал | Основное диагностическое значение |
|---|---|---|---|
| Прямая ДНК-диагностика | Патогенный вариант непосредственно в гене | Пробанд | Подтверждение молекулярной причины заболевания |
| Секвенирование по Сэнгеру | Известная или предполагаемая точечная замена, небольшая инсерция/делеция | ДНК пробанда | Таргетное подтверждение варианта, выявленного ранее или ожидаемого по клиническим данным |
| Секвенирование нового поколения | Варианты в одном гене, панели генов или экзоме | ДНК пробанда | Поиск молекулярной причины при генетически и клинически неоднородных заболеваниях |
| MLPA и сходные методы анализа дозы генов | Крупные делеции и дупликации экзонов или генов | ДНК пробанда | Выявление нарушений числа копий, которые могут не определяться обычным секвенированием |
| Исследование родителей | Наследование и происхождение варианта | Отец и мать пробанда | Уточнение de novo-возникновения, носительства и фазы мутаций; обычно является дополнительным этапом |
| Непрямая ДНК-диагностика | Сцепленные полиморфные маркеры, а не сама мутация | Пробанд и информативные родственники, желательно нескольких поколений | Определение унаследованного хромосомного гаплотипа при неизвестном причинном варианте |
| Пренатальная молекулярная диагностика | Семейный патогенный вариант у плода | Материал плода и, при необходимости, родителей/пробанда | Оценка генетического статуса плода после установления или обоснованного предположения о семейной мутации |
Таким образом, прямой метод отвечает на вопрос, присутствует ли конкретное молекулярное нарушение у пациента. Родословная и образцы родственников особенно важны для интерпретации варианта и медико-генетического консультирования, но не являются обязательными для первичного подтверждения при доступном исследовании пробанда. Выбор метода определяется предполагаемым типом генетического дефекта и особенностями заболевания.