2) Rx-FISH
3) HR-CGH
4) mBAND
Оптимальным методом является хромосомный микроматричный анализ на высокоплотных ДНК-микрочипах (aCGH). Метод основан на сравнительной гибридизации ДНК пациента и референсного образца с большим числом локус-специфичных зондов, распределённых по всему геному. Уменьшение соотношения сигналов пациента к контролю в последовательном участке зондов указывает на делецию, а размер и границы копийного дисбаланса оцениваются по положению и плотности соответствующих зондов.
Микроделеции менее 1 млн пар оснований обычно не видны при стандартном кариотипировании, поскольку его разрешающая способность ограничена несколькими мегабазами. Высокоплотные микроматрицы позволяют выявлять субмикроскопические потери генетического материала, в том числе такие, которые не были заранее предположены клинически; фактическая чувствительность зависит от покрытия конкретной области, плотности зондов и уровня мозаицизма. Результат интерпретируют с учётом содержания затронутых генов, известных синдромов микроделеций, дозочувствительности генов и баз данных клинической значимости вариантов числа копий.
Rx-FISH и mBAND преимущественно применяются для анализа известных хромосомных участков или структурных перестроек, а не для первичного поиска небольшой делеции по всему геному. Классический или высокоразрешающий CGH без микроматричной платформы также уступает aCGH по разрешению и удобству анализа субмикроскопических копийных изменений. При этом aCGH не предназначен для выявления сбалансированных транслокаций, инверсий и большинства точечных вариантов; при необходимости находку подтверждают FISH, MLPA, количественной ПЦР или секвенированием.
| Метод | Основная диагностическая задача | Возможности при микроделециях | Ключевое ограничение |
|---|---|---|---|
| Высокоплотный aCGH | Геномный поиск делеций и дупликаций | Выявляет субмикроскопические изменения, часто значительно менее 1 Мб; разрешение определяется плотностью зондов | Не обнаруживает сбалансированные перестройки и варианты без изменения числа копий |
| Rx-FISH | Многоцветная идентификация хромосом и сложных перестроек | Может подтвердить изменение в известной области при наличии подходящих зондов | Не является полноценным методом скрининга всего генома; требует предварительной диагностической гипотезы |
| Высокоразрешающий CGH | Сравнение распределения копийных последовательностей по хромосомам | Позволяет находить некоторые несбалансированные перестройки, но обычно менее чувствителен к малым делециям, чем плотная микроматрица | Ограниченная разрешающая способность и меньшая стандартизация по сравнению с aCGH |
| mBAND | Детализация внутерхромосомных перестроек и инверсий | Применим для уточнения уже обнаруженной структурной аномалии | Анализируется ограниченное число хромосом; метод не предназначен для поиска неизвестных микроделеций |
| Стандартное кариотипирование | Оценка числа и крупных структурных изменений хромосом | Как правило, не выявляет делеции менее 1–5 Мб | Недостаточная разрешающая способность для субмикроскопических вариантов |
| FISH, MLPA или количественная ПЦР | Таргетное подтверждение конкретного геномного дисбаланса | Высокая эффективность при известном локусе и разработанном наборе зондов или праймеров | Ограничены исследуемым участком и не заменяют геномный поиск при неясном диагнозе |
Выбор aCGH особенно обоснован при задержке развития, врождённых пороках, расстройствах аутистического спектра или множественных дисморфиях неясной этиологии. Обнаруженный вариант числа копий оценивают по размеру, генному составу, фенотипическому соответствию и классификации патогенности. Для клинически значимой делеции желательно исследование родителей, поскольку это помогает определить её происхождение и риск повторения. При подозрении на мозаицизм или необходимости точного подтверждения результата используют дополнительный целевой метод.