2) митохондриальной ДНК
3) мяРНК
4) тандемных сателлитных повторов
Анализ внеклеточной циркулирующей ДНК плазмы является основой жидкостной биопсии при поиске молекулярных причин вторичной резистентности немелкоклеточного рака лёгкого. Циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) представляет собой фракцию общей циркулирующей внеклеточной ДНК (cfDNA), высвобождаемую опухолевыми клетками при апоптозе и некрозе. Высокочувствительные методы ПЦР в реальном времени, цифровой ПЦР и панели NGS позволяют выявлять варианты, присутствующие лишь в небольшой субпопуляции опухолевых клеток.
Классический пример — возникновение мутации EGFR p.T790M после терапии ингибиторами тирозинкиназы первого или второго поколения; при лечении препаратами третьего поколения возможна мутация p.C797S. Также методом исследования плазменной cfDNA выявляют амплификацию MET, мутации KRAS, изменения в генах ALK, ROS1, BRAF и другие механизмы обхода лекарственной блокады. Преимущество метода состоит в минимальной инвазивности, быстром получении результата и возможности повторного мониторинга клональной эволюции опухоли, включая гетерогенные метастатические очаги.
Обнаружение клинически значимой мутации в плазме может служить основанием для выбора таргетной терапии при соответствии клиническим рекомендациям. Отрицательный результат не исключает наличие мутации: низкая опухолевая фракция, небольшой объём опухоли или недостаточное выделение ДНК могут приводить к ложноотрицательному анализу. Поэтому при высокой клинической вероятности прогрессирования и отрицательном результате жидкостной биопсии рекомендуется исследование ткани опухоли, если получение материала технически возможно.
| Молекулярное изменение | Типичный механизм резистентности | Значение выявления в cfDNA | Диагностическая и клиническая интерпретация |
|---|---|---|---|
| EGFR p.T790M | Изменение структуры тирозинкиназного домена и снижение связывания ингибиторов EGFR первого и второго поколений | Один из наиболее значимых маркеров приобретённой резистентности | Может определять возможность применения ингибитора EGFR третьего поколения |
| EGFR p.C797S | Нарушение ковалентного связывания ингибиторов EGFR третьего поколения | Маркер резистентности после терапии осимертинибом и сходными препаратами | Тактика зависит от аллельной конфигурации мутации и сопутствующих изменений |
| Амплификация MET | Активация обходного сигнального пути с сохранением пролиферативного сигнала при блокаде EGFR | Выявляется количественными NGS-подходами или специальными методами оценки копийности | Может рассматриваться как основание для терапии, направленной на ось MET, при подтверждении клинической значимости |
| Изменения KRAS, BRAF, PIK3CA и других генов | Активация альтернативных внутриклеточных сигнальных каскадов | Отражают поликлональность и эволюцию опухоли под давлением лечения | Требуют интерпретации в контексте исходного драйверного изменения, терапии и клинической картины |
| Отрицательный результат cfDNA | Мутация отсутствует либо находится ниже аналитического порога выявления | Не является достаточным доказательством отсутствия резистентного клона | При прогрессировании заболевания показано подтверждение методом тканевой биопсии |
| Повторное количественное исследование ctDNA | Изменение молекулярной опухолевой нагрузки во времени | Позволяет оценивать динамику ответа и появление новых клонов | Используется как дополнительный инструмент мониторинга, но не заменяет клиническую и радиологическую оценку |
Исследование cfDNA особенно информативно при невозможности безопасно получить материал из очага прогрессирования. Для корректного результата важны качество плазмы, предотвращение лизиса лейкоцитов и оценка чувствительности тест-системы. Следует отличать опухолевые варианты от клонального гемопоэза, который может имитировать соматические мутации в плазме. Молекулярное заключение всегда сопоставляют с морфологией, данными визуализации, предшествующей терапией и клиническим течением заболевания.