2) дистиллированной
3) проточной
4) стерилизованной
Для приготовления реакционной смеси ПЦР используют воду с минимальным содержанием растворённых ионов, органических примесей и ингибиторов ферментативной реакции. Деионизация удаляет катионы и анионы, включая соли металлов, способные изменять активность ДНК-полимеразы и нарушать оптимальную концентрацию Mg2+. Поскольку ионы магния являются кофактором полимеразы, даже небольшое неконтролируемое изменение их содержания может снизить эффективность амплификации или увеличить число неспецифических продуктов.
В лабораторной практике одной деионизации недостаточно: вода для молекулярно-генетических исследований должна соответствовать классу molecular biology grade, не содержать ДНК, РНК, ДНКаз, РНКаз и ингибиторов ПЦР. Дистилляция уменьшает количество солей, но не гарантирует удаления нуклеаз и летучих органических соединений; стерилизация уничтожает микроорганизмы, однако не обязательно разрушает их нуклеиновые кислоты и термостабильные ферменты. Поэтому среди предложенных характеристик деионизация наиболее непосредственно обеспечивает необходимую химическую чистоту воды.
| Вид или характеристика воды | Основные свойства | Пригодность для ПЦР |
|---|---|---|
| Деионизированная | Содержит минимальное количество растворённых катионов и анионов | Подходит при условии подтверждённого отсутствия нуклеаз и нуклеиновых кислот |
| Ультрачистая класса molecular biology grade | Деионизирована, очищена от органических примесей, ДНК, РНК и нуклеаз | Оптимальный лабораторный стандарт |
| Дистиллированная | Получена конденсацией пара, содержит меньше солей | Не гарантирует отсутствия нуклеаз и ингибиторов |
| Стерилизованная | Не содержит жизнеспособных микроорганизмов после обработки | Стерильность не равнозначна молекулярной чистоте |
| Проточная | Содержит соли, хлор, органические примеси и микроорганизмы | Непригодна из-за высокого риска ингибирования и контаминации |
| Контаминированная ампликонами | Содержит ранее синтезированные фрагменты ДНК | Вызывает ложноположительные результаты |
Качество воды контролируют постановкой отрицательного контроля, в котором вместо исследуемой ДНК в реакцию добавляют воду. Появление сигнала амплификации в таком контроле указывает на контаминацию реагентов или рабочего пространства. Воду следует хранить в отдельных чистых аликвотах, избегая многократного открывания общей ёмкости. Таким образом, правильная характеристика подразумевает не просто деионизированную, а высокоочищенную и свободную от нуклеаз воду.