2) анализируется весь кариотип
3) выявляются только численные хромосомные аберрации
4) выявляются только структурные хромосомные аберрации
Метод FISH основан на гибридизации флуоресцентно меченных ДНК-зондов с комплементарными последовательностями хромосом исследуемых клеток. Поэтому анализ ограничен конкретными локусами, центромерными областями или генами, для которых заранее выбраны соответствующие зонды. После связывания зонда оценивают число, расположение и взаимное соотношение флуоресцентных сигналов в интерфазных ядрах либо метафазных хромосомах.
В детской онкологии-гематологии FISH применяют для выявления клинически значимых перестроек, делеций и амплификаций, например транслокации ETV6::RUNX1 при В-линейном остром лимфобластном лейкозе, перестроек KMT2A, амплификации MYCN при нейробластоме. Метод способен обнаруживать как численные изменения, включая трисомии и моносомии, так и структурные аберрации — транслокации, инверсии, делеции и амплификации, если они охватываются выбранной зондовой системой. Однако стандартное исследование не дает полного обзора всего кариотипа и не исключает генетические изменения в участках, на которые зонды не направлены.
| Метод | Объект анализа | Основные диагностические возможности | Ключевое ограничение |
|---|---|---|---|
| FISH | Заранее выбранные хромосомные локусы | Численные и структурные аберрации, амплификации генов | Не выявляет изменения вне зон гибридизации зондов |
| Стандартное кариотипирование | Все метафазные хромосомы | Обзор всего кариотипа, крупные численные и структурные перестройки | Требует делящихся клеток, имеет сравнительно низкое разрешение |
| Интерфазная FISH | Ядра неделящихся клеток | Быстрое выявление заданной аберрации без получения метафаз | Не определяет полную структуру кариотипа |
| Метафазная FISH | Метафазные хромосомы | Уточнение локализации перестройки и хромосомного партнера | Необходима культура клеток и получение метафаз |
| RT-PCR | РНК и транскрипты химерных генов | Высокочувствительное выявление известных транслокационных транскриптов | Не обнаруживает перестройки без образования исследуемого транскрипта |
| Хромосомный микроматричный анализ | Геном в целом | Делеции и дупликации с высоким разрешением | Обычно не выявляет сбалансированные транслокации |
Выбор зондов определяется предполагаемым диагнозом, морфологическими и иммунофенотипическими характеристиками опухоли. Разрывные зонды применяют для выявления перестройки определенного гена, а двухцветные двухсливные системы — для подтверждения конкретной транслокации. Результаты FISH интерпретируют с учетом порогового значения патологических сигналов и обязательно сопоставляют с данными цитоморфологии, проточной цитометрии и молекулярно-генетических исследований. Такой комплексный подход позволяет уточнить диагноз, прогностическую группу и показания к таргетной терапии.