2) 9.1.2
3) 10.2
4) 12 (+)
Правильное обозначение аллеля — 12. Для тетрануклеотидного STR-локуса числовое обозначение аллеля в длиновой номенклатуре отражает число полных повторных единиц в анализируемом повторном участке. Девять мотивов ATAG дают 9 повторов, один мотив ATTG, несмотря на замену одного нуклеотида, остается полноценной тетрануклеотидной единицей, а последовательность ATAGATAG содержит еще два полных повтора. Таким образом, суммарное число тетрануклеотидных единиц составляет 9 + 1 + 2 = 12. Для D4S2366 действительно характерна сложная структура с вариантами четырехнуклеотидных мотивов, что необходимо учитывать при интерпретации последовательности.
Замена ATAG на ATTG представляет собой вариацию последовательности полного повтора, а не неполный повтор, поэтому она не требует десятичного обозначения микроварианта. В традиционной STR-номенклатуре запись вида n.x применяется, когда после n полных повторных единиц имеется фрагмент неполного мотива длиной x нуклеотидов; например, 9.3 соответствовало бы девяти полным повторам и дополнительным трем нуклеотидам. Современные рекомендации ISFG различают длиновое обозначение аллеля и более детальное описание его нуклеотидной последовательности, сохраняя совместимость с результатами капиллярного электрофореза.
| Элемент структуры | Интерпретация | Вклад в номер аллеля |
|---|---|---|
| ATAG × 9 | Девять полных тетрануклеотидных повторов | 9 |
| ATTG × 1 | Полный четырехнуклеотидный повтор с вариантной последовательностью | 1 |
| ATAGATAG | Два последовательных полных мотива ATAG | 2 |
| Суммарная повторная область | 9 + 1 + 2 полных тетрануклеотидных единиц | 12 |
| Обозначение типа 9.3 | Используется для микроварианта: 9 полных повторов и 3 дополнительных нуклеотида | К данной структуре неприменимо |
| Замена внутри мотива | Меняет последовательностный вариант аллеля, но не уменьшает длину полноценной повторной единицы | Не создает десятичной части |
| Последовательностный анализ | Позволяет различать аллели одинаковой длины, но различного внутреннего строения | Дополняет длиновую номенклатуру |
В судебно-генетической экспертизе важно различать длиновой полиморфизм STR и различия их внутренней нуклеотидной последовательности. Два аллеля с одинаковым числом повторных единиц могут иметь одинаковое традиционное числовое обозначение, но различаться по составу мотивов при секвенировании. Такая последовательностная вариабельность повышает информативность STR-анализа, особенно при использовании массового параллельного секвенирования. Поэтому в рассматриваемом случае вариантный мотив ATTG учитывается как целая тетрануклеотидная единица, а итоговый аллель обозначается числом 12.