↑ Вверх ↓ Вниз

Аллель тетрануклеотидного str-локуса fesfps, имеющего десять последовательностей attt и последовательность atttatttatttattt, определяется как (ответ на вопрос)

АЛЛЕЛЬ ТЕТРАНУКЛЕОТИДНОГО STR-ЛОКУСА FESFPS, ИМЕЮЩЕГО ДЕСЯТЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ATTT И ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ATTTATTTATTTATTT, ОПРЕДЕЛЯЕТСЯ КАК
1) 10.4
2) 14 (+)
3) 13.1
4) 10.1

Локус FESFPS относится к тетрануклеотидным STR-маркерам, поэтому основной повторяющийся мотив состоит из четырёх нуклеотидов — ATTT. Аллель обозначают по числу полных копий этого мотива; при наличии неполной копии используют дробную запись, где после точки указывают число нуклеотидов в частичном повторе.

В данном случае первые десять последовательностей ATTT соответствуют десяти полным повторам. Фрагмент ATTTATTTATTTATTT также состоит не из частичного, а из четырёх полных тетрануклеотидных повторов, поскольку его длина равна 16 нуклеотидам. Общее число повторов составляет 10 + 4 = 14, поэтому правильное обозначение аллеля — 14. Запись 10.4 была бы некорректной для стандартной номенклатуры: число после точки применяют к неполному повтору, а не к дополнительным четырём полным мотивам.

Структура участкаИнтерпретацияОбозначение
ATTTОдна полная тетрануклеотидная единица+1 повтор
ATTT × 10Десять полных повторов10
ATTTATTTATTTATTTЧетыре полных повтора ATTT, 16 нуклеотидов+4 повтора
10 полных повторов + 4 полных повтораПолное суммарное число повторов14
10 полных повторов + 1 нуклеотидНеполный, или микровариантный, повтор10.1
13 полных повторов + 1 нуклеотидДругой вариант частичного повтора13.1
10 полных повторов + 4 нуклеотидаЧетыре нуклеотида образуют полный мотив, поэтому дробная запись не используетсяНе 10.4, а 14

В судебно-генетическом анализе такие варианты определяют по длине амплифицированного фрагмента, а при необходимости уточняют методом секвенирования. Корректный подсчёт полных и неполных повторов важен для сопоставления профилей ДНК и исключения ошибочной интерпретации микровариантов. Следовательно, представленная последовательность классифицируется как аллель 14.

Поделитесь с коллегами ссылкой на наш сайт