2) одноцепочечной фрагментированной РНК
3) двумя идентичными нитями позитивной РНК (+)
4) двуцепочечной кольцевой ДНК
ВИЧ относится к ретровирусам и содержит две идентичные копии линейной несегментированной одноцепочечной РНК положительной полярности длиной около 9,2 тыс. нуклеотидов. Эти молекулы не являются комплементарными цепями одной двуцепочечной структуры, а упакованы в вирионе как димер, поэтому геном ВИЧ характеризуют как диплоидный. Положительная полярность означает, что последовательность вирусной РНК соответствует матричной РНК и содержит открытые рамки считывания для синтеза вирусных белков.
Ключевая особенность ВИЧ — обязательная стадия обратной транскрипции. После проникновения в клетку обратная транскриптаза синтезирует на матрице РНК комплементарную ДНК, затем формируется двуцепочечная ДНК, которая с помощью интегразы встраивается в геном клетки и образует провирус. Поэтому ВИЧ относят к VI группе по классификации Балтимора — вирусам с одноцепочечной РНК положительной полярности, реплицирующимся через ДНК-промежуточный этап.
| Признак | Характеристика ВИЧ | Биологическое значение |
|---|---|---|
| Число геномных молекул | Две идентичные копии РНК | Формируют димерный, или диплоидный, геном ретровируса |
| Тип нуклеиновой кислоты | Одноцепочечная РНК положительной полярности | Содержит кодирующие последовательности вирусных белков |
| Структура генома | Линейный и несегментированный, около 9,2 тыс. нуклеотидов | Исключает характеристику генома как кольцевого или фрагментированного |
| Основные гены | gag, pol, env, а также регуляторные и вспомогательные гены | Кодируют структурные белки, ферменты и гликопротеины оболочки |
| Ферменты в составе вириона | Обратная транскриптаза, интеграза и протеаза | Обеспечивают синтез ДНК, интеграцию провируса и созревание вирусных белков |
| Репликативный промежуточный продукт | Двуцепочечная ДНК, интегрированная в хромосому клетки | Обусловливает длительную персистенцию и возможность латентного состояния |
| Классификация по Балтимору | VI группа: РНК-содержащие вирусы с обратной транскрипцией | Отличает ВИЧ от обычных +РНК-вирусов, не имеющих ДНК-стадии |
Геномная организация ВИЧ определяет особенности лабораторной диагностики: вирусную нагрузку в плазме обычно измеряют методом ОТ-ПЦР, включающим обратную транскрипцию РНК в ДНК. В клеточном материале может определяться провирусная ДНК, что позволяет оценивать наличие интегрированного генома. Ферменты обратной транскрипции, интеграза и протеаза являются мишенями антиретровирусной терапии.