2) снижением генетического разнообразия вирусов
3) доминированием генетического варианта ВИЧ – подтипа А (+)
4) повышением генетического разнообразия вирусов вследствие формирования и распространения рекомбинантных форм ВИЧ
Современная эпидемиология ВИЧ-инфекции в России характеризуется не только преобладанием определённой генетической линии, но и усложнением структуры циркулирующей популяции ВИЧ-1. Основной механизм повышения разнообразия — рекомбинация геномов при заражении одной клетки двумя генетически различающимися вариантами вируса. Во время обратной транскрипции обратная транскриптаза может переключать матрицу, вследствие чего формируется вирус с участками генома разного происхождения.
Рекомбинантные формы представлены циркулирующими рекомбинантными формами (CRF), которые устойчиво распространяются в популяции, и уникальными рекомбинантными формами (URF), выявляемыми у отдельных пациентов или в ограниченных цепочках передачи. В России наряду с доминирующим вариантом A6 (исторически относимым к подтипу A) циркулируют различные рекомбинантные варианты, что отражает смешение эпидемиологических сетей и наличие суперинфекции или коинфекции. Поэтому именно рост генетического разнообразия за счёт формирования и распространения рекомбинантных форм наиболее полно описывает современное состояние эпидемии.
| Генетическая форма | Механизм формирования или характеристика | Эпидемиологическое значение | Практическое выявление |
|---|---|---|---|
| Чистый подтип | Геном сохраняет типичную структуру одного генетического подтипа | Формирует устойчивую региональную линию передачи; в России значим вариант A6 | Генотипирование участков pol, иногда gag и env |
| CRF | Стабильная мозаичная структура, обнаруженная у нескольких эпидемиологически связанных пациентов | Способна самостоятельно поддерживать и расширять цепочки передачи | Секвенирование и филогенетический анализ нескольких участков или полного генома |
| URF | Уникальная рекомбинантная форма, не соответствующая установленной циркулирующей форме | Отражает продолжающееся образование новых вариантов при смешанных инфекциях | Мозаичный профиль при сравнении генома с референсными подтипами |
| Коинфекция | Одновременное присутствие у пациента двух и более генетически различных вариантов ВИЧ-1 | Создаёт условия для внутриклеточной рекомбинации | Углублённое секвенирование, анализ минорных вариантов и филодинамика |
| Суперинфекция | Заражение новым вариантом после уже состоявшегося инфицирования | Может приводить к появлению рекомбинантов и осложнять оценку цепей передачи | Сопоставление последовательностей вируса в динамике |
| Генотипическая лекарственная устойчивость | Накопление мутаций устойчивости в геноме вируса, иногда в рекомбинантном фоне | Влияет на выбор антиретровирусной терапии и эпидемиологический контроль | Тестирование резистентности по последовательности гена pol |
Генетическое разнообразие имеет значение для молекулярного надзора, реконструкции путей передачи и своевременного выявления лекарственной устойчивости. Оно не отменяет ведущей роли варианта A6, но показывает, что эпидемический процесс нельзя описывать единственным подтипом. Диагностика ВИЧ-инфекции сохраняет стандартный алгоритм серологического скрининга и подтверждения, тогда как определение подтипа и рекомбинантной структуры относится преимущественно к эпидемиологическому и клиническому мониторингу. Формирование новых рекомбинантных вариантов также учитывается при разработке профилактических вакцин и оценке эффективности антиретровирусных препаратов.