1) низкая разрешающая способность в диагностике перицентрических инверсий хромосом
2) существенная зависимость качества гибридизации от степени конденсации хромосомного материала на препарате
3) невозможность диагностики микроделеционных и микродупликационных синдромов (+)
4) невозможность диагностики робертсоновских транслокаций