1) метод «обрыва цепи» посредством дидезоксирибонуклеотидов
2) создание библиотеки случайных последовательностей ДНК, которые сшиваются с общедоступными адаптерными последовательностями
3) высокоспецифичное лигирование гибридизованных олигонуклеотидов и одновременная амплификация зондов разной длины
4) высокоспецифичная рестрикция эндонуклеазой (+)